多路复用化验启用多个分析物的测量在低输入样本,包括肿瘤活检和循环肿瘤细胞,液,细胞游离DNA (cfDNA)和其他分子。分子分类的主要组织、肿瘤异质性、转移性组织,早期发现治疗抵抗的发展需要敏感的和精确的多路复用化验流线型和健壮的工作流。
Innoplex试验是一种RNA bead-based多元分析,确定多种基因的表达,通过直接分析细胞溶解样品和信号放大(不需要核酸提取和放大)。该方法利用xMAP Luminex技术和表达载体QuantiGene丛分析(热费希尔),结合生物标志物板来自研究成果。在本文中,我们描述的应用创新方法对肿瘤进行分类和研究疾病进展,利用低丰度组织样本,循环血液中细胞和细胞组件。
介绍
肿瘤的分子分类、异质性和倾向转移是癌症相关死亡的主要原因。2018年占960万年全球癌症死亡,因此,创新的方法是一个未满足的临床需要支持早期诊断,正确的异质性疾病的诊断,为病人提供的工具监测早期发现疾病进展(转移)和治疗抵抗。
创新多元化分析(Innoplex) RNA bead-based测量分析多个肿瘤相关的生物标记物的表达在低丰度样本。这些方法优化了多路复用使用各种样本来源从档案数字化读出福尔马林固定石蜡包埋组织和血液提取液。在这篇文章中,我们总结了基于xMAP Luminex Innoplex化验技术和表达载体QuantiGene丛试验,研究输出马耳他大学的生物标志物的面板和化验的商业化通过Omnigene医疗技术有限公司
工作流的创新分子分析技术
Innoplex多元分析是基于表达载体的集成QuantiGene丛分析(热费希尔科学)和xMAP Luminex技术使多路复用技术,和小说小组开发的生物标记分子肿瘤学马耳他大学的实验室,由戈弗雷格雷奇教授。的技术和研究成果提供化验的多功能性。迄今为止,分子分类面板和一个结直肠癌转移性乳腺癌小组开发,目前正在优化临床工作流Omnigene医疗技术有限公司通过的小型化和自动化RNA-bead丛化验。
的Innoplex RNA-bead丛化验使用的Quantigene branched-DNA技术,运行在Luminex xMAP技术。特定探头共轭顺磁性微球(珠),内部充满特定部分的红色和红外荧光团,Luminex使用光学(第一激光/探测器)来识别特定的珠子被港口特定的调查。的Quantigene branched-DNA技术构建一个分子支架的具体绑定probe-target复杂放大信号所读的第二束激光/领导。
的工作流分析可分为pre-analytical阶段涉及到组织或细胞的裂解/均化,包括杂交分析阶段,pre-amplification和信号放大的总动手时间两个小时。这是与所需的时间准备5-plex中存在的反应。增加复用在反应将导致实践中存在时间的增加,在相同的两个小时保留Innoplex化验。如图所示Scerri et al,存在40-plex反应需要9个小时准备bead-based试验相比,保留一个两小时的工作流。因此,bead-based化验有优势多路传输格式的高通量分析。
Innoplex测定的性能
我们在以前的研究已经表明,使用基因表达乳腺癌患者资料,可以测量使用我们RNA-based多元化验在福尔马林固定石蜡包埋的病人档案材料的低质量、低输入。使用40-plex化验,我们表明受体状态和异质性在福尔马林固定石蜡包埋组织可以使用彩色测量微切割材料。与参考方法,使用snap-frozen和FFPE组织来源于病人和异种移植样本,bead-based多元分析比使用FFPE-tissue时存在——提取RNA,给可靠性系数的99.3 -100%和82.4 -95% qPCR结果,表明试验方差较低。
多路复用提供敏感性和多功能性生物标记验证和在我们的手来测量细胞内RNA转录丰度较低,模仿从血液循环肿瘤细胞的分离。在这项研究中,我们表明,测量EPCAM, KRT19, ERBB2和FN1保持线性信号,降到15细胞或更少。此外,简单的工作流直接测量使用细胞溶解细胞,使这个试验是临床更有效的翻译。
总之,创新多元化化验使精确和个性化治疗考虑异质性的原发性肿瘤,肿瘤在治疗进展和转移性监控个人的耐心。多功能性的各种化验的方法允许开发来支持不同的应用程序。我们的第一个创新方法为分子腔的分类和开发基底乳腺癌和预测敏感性特定治疗三阴乳腺癌亚型。多元分析有广泛的可能的应用在肿瘤的诊断和监测肿瘤的治疗。
这些方法的主要优点包括(a)实现高通量分析,产生了积极的影响在远程测试和实施这样的化验病人监测和临床试验,(b)数字化结果排除主观性和模棱两可的解释,基于图像的测量中常见的事件,也不需要高度专业化的设备和人力资源,(c)准确、精确检测多个目标的分析,尽量减少使用宝贵的患者样本和(d)支持异构肿瘤基因表达的测量和低输入/病人低质量的材料。
该方法简化与当前病理学实验室实践导致工作流具有成本效益,以最小的周转时间。
可应要求提供参考。